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INFORMATIONS PATIENT CeVi

Aidez la Recherche sur le Lymphome !

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Qu'est-ce-qu'une collection d'échantillons biologiques ?

Une collection d’échantillons biologiques humains résulte de la réunion, à des fins scientifiques, de prélèvements biologiques effectués sur un groupe de personnes identifiées et sélectionnées en fonction des caractéristiques cliniques ou biologiques d’un ou plusieurs membres du groupe, ainsi que des dérivés de ces prélèvements (Code de la Santé Publique). Ces collections sont souvent constituées dans un but spécifique, tel que la recherche scientifique, médicale ou clinique. Les échantillons sont mis à disposition des chercheurs et des scientifiques pour développer des tests diagnostiques, identifier de nouveaux biomarqueurs, mettre au point de nouvelles thérapies, comprendre et limiter les effets secondaires d’un médicament.

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Comment sont traités vos échantillons et les données ?

Vos échantillons pourront être utilisés dans le cadre de projets de recherche sur le lymphome et seront conservés jusqu’à épuisement dans l’un des centres de ressources biologiques participant à la collection CeVi. Nous envisageons des analyses à partir de tissus sains et/ou tumoraux sur les cellules vivantes et leurs produits dérivés, y compris l’ADN, l’ARN et les protéines issus des échantillons. Un examen de vos caractéristiques génétiques peut aussi s’avérer nécessaire, afin d’étudier les marqueurs génétiques liés à la pathologie du lymphome. Nous vous proposons également, lors de votre prise en charge classique, et si votre état de santé le permet, de collecter quelques échantillons et/ou tubes de sang en plus pour la collection dans la limite des volumes et quantités définis par la règlementation en vigueur), afin de compléter les informations sur votre maladie. Conformément à la loi (art.16.6 du code civil), ce prélèvement ne pourra donner lieu à aucune rémunération à votre bénéfice.

L’analyse de ces échantillons nécessitera également le recueil de données médicales vous concernant. Afin de préserver votre vie privée et de garantir le respect du secret médical, les données recueillies ne feront jamais apparaître en clair ni votre nom, ni votre adresse et seules des données codées feront l’objet d’analyses et de publications. Les données vous concernant resteront strictement confidentielles et ne seront pas rendues publiques. Vos données codées seront transmises à CALYM, responsable du traitement des données (PariSanté Campus, 2 – 10 Rue d’Oradour-sur-Glane, 75015 Paris). Elles pourront être transmises à des partenaires contractuels, en France, à l’intérieur ou en dehors de l’Union Européenne, dans des conditions assurant leur confidentialité. Si le destinataire des données se trouve dans un pays n’assurant pas des niveaux de sécurité équivalents aux niveaux européens, CALYM s’assurera par des clauses contractuelles spécifiques que son partenaire s’engage à assurer la protection de vos données. En tout état de cause, toutes les parties impliquées sont tenues de maintenir la confidentialité de vos données. Vos données pourront également être réutilisées dans des analyses regroupant les données de plusieurs études ou registres sur le lymphome et ce, à des fins de recherche ou pour faire avancer la science et la santé publique.

À tout moment pendant ou après l’étude, le personnel CALYM habilité ou ses représentants ainsi les autorités de santé, pourront avoir un accès direct à votre dossier médical afin de contrôler l’exactitude des données recueillies, sauf si vous vous y opposez. Dans ces circonstances, votre identité pourra être révélée. Toutes ces personnes sont soumises au secret professionnel.

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Quels sont vos droits ?

Concernant vos données

Vous avez le droit d’accéder à toutes les données recueillies à votre sujet et, le cas échéant, de demander des rectifications si vos données s’avéraient inexactes, de les compléter si elles étaient incomplètes ou de les limiter si la collecte de certaines données n’est pas justifiée. Vous disposez également d’un droit d’opposition à la transmission et à l’exploitation des données couvertes par le secret professionnel. Ces droits s’exercent à tout moment auprès de votre médecin-investigateur qui est le seul à connaître votre identité et qui en informera l’Institut Carnot CALYM, et potentiellement son Délégué à la Protection des Données, en maintenant votre anonymat. De même, si vous avez des questions ou des réclamations au sujet du traitement de vos données, ou si vous souhaitez obtenir une copie des Clauses Contractuelles Types, vous devez tout d’abord prendre contact avec votre médecin-investigateur lequel pourra orienter votre demande, si nécessaire, vers le Délégué à la Protection des Données ou vers celui du centre qui vous prend en charge.

Retrait de consentement
Vous pouvez vous opposer à tout moment à l’utilisation à des fins de recherche des échantillons conservés sans conséquence sur le type et la qualité de votre prise en charge. Si vous devez retirer votre consentement, les données recueillies avant votre retrait pourront encore être utilisées, si leur effacement compromettrait la réalisation des objectifs de l’étude. Après votre retrait de consentement, aucune nouvelle donnée ne sera recueillie.
Enfin, vous pouvez déposer une réclamation concernant les modalités du traitement de vos données auprès de la Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés – CNIL (www.cnil.fr).


Vous pouvez librement et à tout moment, sans conséquence pour votre prise en charge, vous opposer à cette utilisation, en vous à votre médecin investigateur, à notre DPO (dpo@calym.org) ou à l’investigateur coordonnateur de l’étude :

  • Nom : Professeur Thierry Fest
  • Adresse : CHU Pontchaillou, rue Henri Le Guilloux, 35033 Rennes Cedex
  • Téléphone : 02.99.28.42.72
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Portail de transparence - CONSULTER LA LISTE DES PROJETS CONDUITS AVEC LA COLLECTION CeVi

En cas d’opposition à la réutilisation de vos données, contactez notre DPO à dpo@calym.org
Nom du projet

Description

Responsable de traitement Finalité du projet Année
Bidifly Caractériser en détail l’hétérogénéité de l’écosystème du lymphome folliculaire (FL), y compris son hétérogénéité spatiale et cinétique au niveau de la cellule unique. Nous visons à analyser les cellules B tumorales et le microenvironnement tumoral (TME) pour comprendre leurs interactions, afin de développer des stratégies thérapeutiques innovantes Académique – cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo

– biomarqueurs

2024
Etude in vitro de la cytotoxicité induite par le traitement de nouveaux anticorps bispécifiques en co-culture avec des PBMCs issus de patients atteint de DLBCL et autres lymphomes B (Lymphomes du manteau et lymphome folliculaire) sur des lignées cellulaires L’étude vise à examiner et identifier les liens entre le profil d’expression des molécules d’adhérence et l’efficacité des CAR-T Industriel cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2024
FrenchConnectT Développement d’un panel combinant des cibles immunogénétiques et oncogénétiques récurrentes afin d’évaluer la réponse aux traitements Académique – cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo

– biomarqueurs

– signaux pharmacodynamiques précoces d’activité

Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique

2024
Optimiser l’efficacité des cellules CAR T en augmentant leurs interactions avec les
cellules tumorales
Compréhension de l’influence des molécules d’adhérence sur l’efficacité des CAR-T par : un phénotypage pour corréler des niveaux d’expression à la réponse au CAR-T et par des analyses fonctionnelles in vitro pour confirmer l’influence des molécules d’adhésion sur la réponse aux CAR-T Académique – cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo

– biomarqueurs

– signaux pharmacodynamiques précoces d’activité

2024
CARTABOLISME suite

Etude de la fonctionnalité des CAR-T cells circulants en fonction de la composition en nutriment du plasma

Académique – cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo

– biomarqueurs

– signaux pharmacodynamiques précoces d’activité

2024
SALT

Etude préclinique pour tester sur des échantillons primaires de patients PTCL des anticorps polyclonaux humanisés anti-lymphocytes porcins capables de tuer efficacement les cellules PTCL avec peu d’effet sur les cellules normales

 Industriel Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2024 
Développement d’un modèle d’étude de la réponse aux anticorps bispécifiques de type in ovo dans le lymphome à cellule du manteau et caractérisation single cell

Compréhension des déterminants de la réponse ou de la résistance aux anticorps bispécifiques chez des patients attients d’un Lymphome à Celllules du Manteau et les possibles synergies avec les chimiothérapies ou thérapies ciblées existantes par single-cell RNA-seq et développement de modèles de type in-ovo.

Académique Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2023
Evaluation de la prolifération et la survie des cellules NK chez des patients atteints d’un lymphome non-hodgkiniens en rechute ou réfractaires Confirmation du mode d’action d’une molécule ciblant le CD20 chez des patients B-NHL en rechute/réfractaire (R/R) Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Signaux pharmacodynamiques précoces d’activité
2023
Modélisation de la réponse thérapeutique du lymphome folliculaire sur modèle 3D organoïde

Développement de nouveaux modèles pour étudier le lymphome folliculaire, en utilisant des cellules primaires de patients. Ces modèles, incluant des cultures en 3D et des greffes sur embryons de poulet, visent à corréler la réponse des cellules en laboratoire avec la réponse clinique. Les premiers résultats suggèrent que cette approche pourrait prédire la réponse des patients à l’immunochimiothérapie et pourrait  contribuer à comprendre les mécanismes de résistance et de rechute dans ce lymphome, et ouvrir de nouvelles voies thérapeutiques.

Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2022
Sequençage de DLBCL non-GC et étude de cytotoxicité induite par des combinaisons de traitements

Etudier la cytotoxicité induite par des combinaisons de traitement sur des cellules de tissus de lymphome B diffus à grandes cellules de type GC au diagnostic ou à la rechute. Tout d’abord, les échantillons seront séquencés par RNAseq puis sélectionner en fonction de leur profil pour réaliser des tests de cytotoxicité et évaluer in vitro l’intérêt thérapeutique de nouveaux traitements en cours d’essais précliniques seuls ou en combinaisons.
Dans un premier temps pour cette étude, l’ARN sera séquencé par RNAseq.
Dans un second, les échantillons d’intérêt en fonction des résultats de séquençage, afin d’évaluer in vitro l’intérêt thérapeutique de nouveaux traitements réaliser des tests de cytotoxicité. La déplétion des cellules tumorales et des cellules du micro-environnement sera évaluée par cytométrie en flux avec un panel d’anticorps déjà validé.

Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Biomarqueurs
2022
AzINOVO
Développement d’un modèle original de PDX de cellules primaires de Lymhome diffus à grandes cellules B dans des embryons de poulet
Développement d’un modèle original de PDX de cellules primaires de Lymhome diffus à grandes cellules B dans des embryons de poulet. Greffe et carcatérisation au plan moléculaire dans des embryons de poulet, pour administration in ovo de thérapies ciblées, et analyse de la croissance tumorale et du profil transcriptomique en scRNAseq. Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Biomarqueurs
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2022
Études précliniques sur l’utilisation de l’anticorps tri-spécifique anti-CD38-CD28-CD3 dans les lymphomes périphériques de type T Le but du projet est d’évaluer par une étude pré-clinique l’efficacité d’un tri-spécifique dans des tissus de lymphomes T (peripheral T-cell lymphomas, PTCLs). Pour cela, le projet porte sur le phénotypage des cibles au sein des PTCLs par des approches d’immunomarquages et des études fonctionnelles permettant d’évaluer in vitro l’efficacité du composé. La preuve d’efficacité permettra possiblement d’envisager un essai de Phase II à terme. Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Biomarqueurs
2022
TAyloring LYmphoma therapy with Immune Escape Signatures from 3D avatars of B-cell NHL (TALYIES)
Adaptation de la thérapie du lymphome aux signatures d’échappement immunitaire à partir d’avatars 3D de LNH à cellules B
Développer un référentiel d’avatars 3D annotés avec des informations génomiques + immuno-infiltrantes provenant de biopsies/sang de patients atteints d’un lymphome non Hodgkinien à cellules B (LNH-B), permettant l’évaluation de médicaments dans le cadre de criblages à haut débit. La capacité des cellules de lymphome à se développer en 3D (et à résister aux médicaments), et la capacité des cellules T à infiltrer et à lyser les modèles autologues 3D (et/ou les lignées cellulaires 3D) de LNH sera évalué. Ce projet pourra permettre de suggérer des stratégies immunothérapeutiques personnalisées pour les patients atteints de LNH-B en rechute, basées sur les éléments suivants des tests in vitro de médicaments en 3D + des données de profilage génomique de la tumeur au moment de la rechute Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Biomarqueurs
2022
Validation de l’intérêt thérapeutique d’un agent d’immunothérapie et comparaison de l’effet in vitro à d’autres agents en cours d’essais cliniques Cette étude a pour objectif d’évaluer l’intérêt thérapeutique d’un nouvel agent d’immunothérapie en test préclinique et de comparer l’effet in vitro à d’utres agents en cours d’essais cliniques dans les lymphomes B. Les tests seront effectués sur les 3 échantillons de DLBCL au diagnostic ou à la rechute pour lesquels l’expression du marqueur CD38 à la surface des cellules B tumorales aura déjà été validé par cytométrie en flux avant la congélation. Ces échantillons pourront être issus de prélèvements tissulaires ou de phases circulantes mais avec un pourcentage de cellules tumorales significatif. Après décongélation, les cellules seront incubées moins de 24 heures avec un sérum humain non décomplémenté afin de déterminer l’effet cytotoxique induit par le complément et de comparer avec l’effet cytotoxique direct. La déplétion des cellules tumorales et des cellules du micro-environnement sera évalué par cytométrie en flux avec un panel d’anticorps déjà validé en amont sur des lignées cellulaires. Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Biomarqueurs
2022
FLINOVO2 : Développement d’un modèle original de PDX de cellules primaires de Lymhome diffus à grandes cellules B dans des embryons de poulet Le projet FLINOVO vise à développer un modèle original de PDX de cellules primaires de lymphome folliculaire d epatients mauvais répondeurs cliniques, dans des embryons de poulet. Une fois greffés, les embryons sont traités par RCHOP ou excipient, et l’effet du RCHOP est mesuré par plusieurs approches : mesure du volume tumoral(light sheet microscopy), et analyse en scRNAseq (comprenant une analyse du BCR,
et du statut mutationnel de certains hotspots).
Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Biomarqueurs
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2022
FLINOVO : Développement d’un modèle original de PDX de cellules primaires de Lymhome folliculaire dans des embryons de poulet Le projet FLINOVO vise à développer un modèle original de PDX de cellules primaires de lymphome folliculaire de patients mauvais répondeurs cliniques, dans des embryons de poulet. Une fois greffés, les embryons sont traités par RCHOP ou excipient, et l’effet du RCHOP est mesuré par plusieurs approches : mesure du volume tumoral (light sheet microscopy), et analyse en scRNAseq(comprenant une analyse du BCR, et du statut mutationnel de certains hotspots). Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Biomarqueurs
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2021
CIELYM : Démontrer que le blocage de l’ICP peut améliorer les réponses immunitaires anti-tumorales et augmenter la fonction lytique envers les cellules tumorales DLBCL ou FL Les objectifs de cette étude sont d’explorer le mécanisme d’action des ICI dans un modèle 3D de LNH co-cultivé avec des cellules gdT ou NK ; déterminer l’effet de l’anticorps sur des cultures 3D dérivées de patients atteints de Lymphome non hodgkinien à cellules B et établir une corrélation potentielle entre l’expression du ICP dans les cellules immunitaires cytotoxiques et l’efficacité de l’ICI.
Objectif général : démontrer que le blocage du ICP peut renforcer les réponses immunitaires anti-tumorales et augmenter la fonction lytique des cellules tumorales DLBCL ou FL.
La méthodologie combine l’immunohistochimie (IHC/IF multiplexée) sur des échantillons de DLBCL ou de FL et l’analyse fonctionnelle in vitro avec l’ICI développé dans des modèles 3D dérivés du sang de patients DLBCL ou FL.
Industriel Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2021
Déterminer in vivo, chez les patients atteints d’un DLBCL, l’environnement métabolique optimal pour l’expansion des cellules CAR-T. Objectif : Déterminer in vivo, chez les patients atteints d’un DLBCL, l’environnement métabolique (combinant les dosages d’insuline pour le glucose, de glutamine et acide glutamique, d’arginine, d’acide gras et de lactate) optimal pour l’expansion des cellules CAR-T et leurs capacités anti-tumorale par l’identification des biomarqueurs métaboliques permettant d’une part la prédiction d’une bonne expansion des cellules CAR-T, et d’autre part qui pourraient constituer des leviers d’intervention thérapeutiques. Méthodologie : Le dosage des nutriments sera réalisé à partir d’échantillons de plasma prélevés avant le traitement par cellules CAR-T et au J7. Les profils d’expansion des cellules CAR-T, la réponse à J30 et la survie sans progression seront extraites du registre français DESCAR-T et de la base de données adossée à la collection CeVi CAR-T. Académique Biomarqueurs 2021
Analyse du micro-environnement immunitaire dans les lymphomes T nodaux : impact pronostic et ciblage thérapeutique Etudier les cellules immunitaires, notamment les lymphocytes T (LT) normaux et tumoraux et les cellules NK, dans les ganglions lymphatiques infiltrés par des PTCL-NOS et des AITL. Méthodologie : cytométrie spectrale pour révéler la distribution et le phénotype (en particulier l’expression de récepteurs activateurs ou inhibiteurs) des sous-populations immunitaires dans ces pathologies. Le panel de 35 marqueurs pourrait permettre de mettre en évidence des marqueurs de surface exprimés par des populations spécifiques qui constitueraient de nouvelles cibles thérapeutiques. La pertinence de ce ciblage sera ensuite confirmée par des tests fonctionnels in vitro. Ces travaux devraient non seulement documenter le lien entre système immunitaire et cancer dans les PTCL, mais aussi mettre en évidence des cibles thérapeutiques Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Biomarqueurs
2021
Criblage de médicaments sur des sangs de lymphomes diffus à grande cellules au diagnostic Cette étude a pour objectif d’évaluer l’intérêt thérapeutique in vitro d’un inhibiteur développé par un laboratoire privé partenaire. Les tests seront effectués sur des échantillons de cellules congelées à l’azote liquide issus de tissus, moelle ou sang de patients atteints de lymphome B diffus à grande cellules (DLBCL) au diagnostic et principalement à la rechute. Méthodologie : la première phase de cette étude consistera au typage HLA A via un test en QPCR à partir de l’ADN extrait des culots secs (screen). Ensuite seule une partie des échantillons avec un typage spécifique seront selectionnés pour les tests in vitro à partir des cellules primaires. Pour cette deuxième phase, les cellules des échantillons selectionnés après décongélation, seront mises en culture pendant 5 jours avec différentes doses de l’inhibiteur à tester. Les effets de ces traitements seront ensuite évalués par cytométrie en flux sur différentes sous-population de l’échantillon (cellules T, B tumoraux et non tumoraux). La production de cytokines pro-inflammatoire par les T sera également investiguée par cytométrie en flux multi-couleur. Industriel Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2020
Criblage de médicaments sur des sangs de lymphomes diffus à grande cellules au diagnostic Cette étude a pour objectif d’évaluer l’intérêt thérapeutique in vitro d’un inhibiteur dévéloppé par un laboratoire privé partenaire. Les test seront effectués sur des échantillons de ganglions de patients atteints de lymphome B diffus à grandes cellules (DLBCL) au diagnostic. Méthodologie : les cellules après décongélation, seront mises en culture pendant 5 jours avec 4 à 5 doses de l’inhibiteur testé. Les effets sur les cellules tumorales, sur les cellules non tumorales et sur la production de cytokines pro-inflammatoires seront évalués par cytométrie en flux multicouleurs à l’aide d’un panel de 13 anticorps différents. Industriel Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2020
Caractérisation du microenvironnement tumoral du lymphome à cellules B et évaluation ex vivo de l’activité de la molécule dans le DLBCL Le projet vise à vérifier la grande sensibilité de cellules lymphomateuses à l’Ac SAR développé par le laboratoire privé partenaire.
Les objectifs principaux de cette collaboration sont de tester l’activité de l’anticorps SAR sur des échantillons primaires de patients DLBCL réfractaire ou en rechute afin de soutenir la poursuite du développement clinique de cette molécule dans le traitement de la DLBCL, documenter le phénotype des cellules tumorales (caractérisation des expressions cibles) et le microenvironnement immunitaire (cellules T, cellules NK et autres) dans les échantillons de ces patients.
Industriel Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2020
Analyse en cellules unique (scRNA-seq) de lymphomes folliculaire et diffus à grandes cellules B : Atlas scRNA-seq pour fournir la première analyse dynamique à grande échelle des lymphomes dans leur microenvironnement immunitaire. Le projet Atlas est un projet R&D ayant pour but de fournir une stratification fonctionnelle innovante de 2 lymphomes B fréquents (FL et DLBCL) et de leur ecosystème, basée sur l’évaluation à haute résolution de la biologie tumorale. Ces données devraient avoir de profondes implications :
– identifier de nouveaux sous-types d’intérêt (diagnostique, pronostique, théranostique),
– Lier la dynamique biologique opérant dans les cellules B néoplasiques, au statut fonctionnel du microenvironnement immun, afin d’identifer des points de contrôle immunitaires actionnables
-décrypter les mécanismes biologiques qui sous-tendent la rechute ou la résistance à la thérapie dans ces lymphomes, afin d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques
– Identifier la petite population de cellules précurseurs à l’origine des rechutes ou des résistances, afin de fournir des ciblages innovants pour prévenir/retarder ces évènements
En mettant en lumière les différents mécanismes biologiques favorisant la croissance tumorale, la résistance, la rechute et la transformation, ce projet ouvrira des voies innovantes de recherche translationnelle.
Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2020
Criblage de médicaments sur des sangs de lymphome du manteau résistant/refractaires Cette étude à pour objectif d’évaluer l’intérêt thérapeutique de certains inhibiteurs épi-génétiques en combinaison avec des traitements conventionnels ou en essai clinique dans les lymphomes B non hodgkiniens. Industriel Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2020
Génération d’un modèle murin de lymphome anaplasique Alk+ Etudier le rôle des ARN non-codants tels que les microARN et les  ARN circulaires dans la résistance, aux thérapies classiques et ciblées, des lymphomes T anaplasiques à grandes cellules exprimant la tyrosine kinase oncogénique NPM-ALK(+).
Dans le cadre de ce projet, pour effectuer les validations in vivo, nous souhaitons établir des  PDX de lymphomes anaplasiques à grandes cellules ALK(+).
Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– biomarqueurs
2019
Signature moléculaire d’un lymphome folliculaire Objectifs : différenciation des lymphocytes B normaux et de leur dérégulation au cours de la lymphomagenèse et étude du microenvironnement ganglionnaire, en particulier les cellules stromales lymphoïdes, les cellules myéloïdes et lymphocytes TCD4 de type follicular helper, et de ses dérégulations au cours du lymphome folliculaire (FL). Méthodologie : étude moléculaire initiale (clonalité sur ADN et expression moléculaire sur ARN), et comparaison de ces signatures à celles des cellules obtenues au cours de la culture dans le système in vitro. Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2019
Définir des signatures épigénétiques précises de la population tumorale de différents sous-types de lymphomes T Nouvelle technologie centrée sur la détermination potentielle de biomarqueurs spécifiques prédictifs de la réponse au traitement pour les lymphomes T, et outils en lien avec la recherche clinique (transfert vers la routine pour l’aide au diagnostic). Académique – biomarqueurs
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2019
Role d’IL41 et de la dopamine sur les lymphocytes B du centre germinatif Ce projet pourrait clarifier le rôle des catécholamines dans le développement des centres germinatifs et tout particulièrement sur les lymphocytes B ainsi que le rôle de l’enzyme IL4I1. La compréhension de ces noveaux mécanismes pourraient permettre d’identifier des nouvelles cibles thérapeutiques (dopamine et/ou récepteurs) et confirmer l’intérêt de cibler IL4I1 (deux brevets sur le ciblage et l’inhibition d’ILI1 dans le cancer) Académique Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2019
Compréhension des mécanismes impliqués dans la pathogénèse de la maladie de Waldenstrom Etude des mécanismes par lesquels les signaux de différenciation externes et les mutations clonales contrôlent le destin cellulaire de ces lymphocytes B à une grande importance pour la compréhension de la pathogenèse et le développement de nouvelles thérapeutiques. Académique Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2019
Quantification des jonctions de LSR sur de l’ADNg obtenu à partir de cellules de Reed-Sternberg de lymphomes de Hodgkin Etude de l’implication de la recombinaison suicide (LSR) dans la perte du récepteur à la surface des cellules de Reed-Sternberg dans le Lymphome de Hodgkin. Méthodologie : quantification des jonctions de LSR  à partir des populations cellulaires pure à partir de l’ADNg obtenu à partir de cellules de Reed-Sternberg triées par cytométrie en flux sur la base de l’expression du CD30 et à partir de cellules B normale des mêmes échantillons, afin d’avoir un matériel non contaminé Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– biomarqueurs
2018
Caractérisation du phénotype, de la signature transcriptomique et de la fonctionnalité des cellules des compartiments myéloïde et lymphoïde du lymphome de Hodgkin Etude du compartiment myéloïde au sein de l’environnement tumoral du Lymphome de Hodgkin (HD). Notamment, nous pourrons définir les sous-types de cellules augmentés dans le HD par rapport au contrôle ainsi que les mécanismes d’immunomodulation impliqués. A plus long terme, ce travail fournira un rationnel pour de futurs essais thérapeutiques dont le but sera de contrôler le recrutement et l’accumulation de ces cellules ou de bloquer leurs fonctions suppressives. La question posée dans ce projet est de caractériser extensivement le phénotype, la signature transcriptomique et la fonctionnalité des cellules des compartiments myéloïde et lymphoïde T exerçant une activité immunomodulatrice dans l’environnement tumoral du HD. Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2018
Etude de l’expression de 16NKR activateurs ou inhibiteurs sur des lymphomes T périphériques Objectif : Validation d’un panel de cytométrie en flux permettant d’étudier l’expression de 16 récepteurs NK activateurs ou inhibiteur dans les lymphomes T périphériques (PTCL) et validation du potentiel de la technique ATAC-seq (assay for transposase-accessible chromatin using sequencing) pour la classification précise et rapide (<24H) des PTCL à un coût largement inférieur aux autres techniques basées sur le séquençage haut débit pour pouvoir proposer une signature spécifique de chaque sous-type de PTCL. Méthodologie : cytométrie en flux et ATAC-seq Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– biomarqueurs
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2018
Analyse en cellules unique (scRNA-seq) de lymphomes folliculaire et diffus à grandes cellules B : Atlas scRNA-seq (faisabilité) Le projet Atlas (étude pilote) a pour but de fournir une stratification fonctionnelle innovante des 2 lymphomes B les plus fréquents de l’adulte basée sur l’évaluation à haute résolution de la biologie tumorale in situ afin :
– d’identifier de nouveaux sous-types d’intérêt diagnostique, pronostique, théranostique
– de lier la dynamique biologique opérant dans les cellules B néoplasiques, au statut fonctionnel du microenvironnement immun, afin d’identifier des points de contrôle immunitaires actionnables
– de décrypter les mécanismes biologiques qui sous-tendent la rechute ou la résistance à la thérapie dans ces lymphomes, afin d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques
– d’Identifier la petite population de cellules précurseurs à l’origine des rechutes ou des résistances, afin de fournir des ciblages innovant pour prévenir/retarder ces évènements
Collectivement, ces données devraient à terme permettre de mieux comprendre les différents mécanismes biologiques favorisant la croissance tumorale, la résistance, la rechute et la transformation, ouvrant des voies innovantes de recherche translationnelle.
Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2018
Mise au point d’un modèle de xénogreffe de cellules primaires de patients comme plateforme de criblage de nouvelles stratégies thérapeutiques dans le lymphome folliculaire Un laboratoire privé partenaire a développé un modèle unique de greffe dans la membrane chorioallantoide des œufs de poulet fertilisés (CAM). Les objectifs du programme INOVOLYM sont de tester si la greffe in ovo de poulet pourrait constituer un modèle préclinique in vivo relevant de différents sous-types de lymphomes, ici les lymhomes B diffus à grandes cellule,s et permettre de développer une plateforme de criblage de médicaments. Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2017
Compréhension des mécanismes immunitaires engagés par les lymphocytes B de lymphomes folliculaires en progresion ou en rechute Les objectifs de l’étude sont d’analyser des programmes transcriptionnels caractéristiques des Lymphome B du Centre Germinatif, avant d’étendre les analyses à une vision plus générale des profils spécifiques au Lymphome Folliculaire (LF) afin d »identifier les programmes fonctionnels actifs dans les cellules de LF et pouvant potentiellement être ciblés, d’identifier des sous-populations de cellules de LF potentiellement à l’origine des rechutes et explorer l’hétérogénéité cellulaire des lymphomes dans de grandes cohortes de patients. Méthodologie : analyses transcriptomiques à l’échelle single-cell, analyse comparée des échantillons au diagnostic/rechute avec suivi de la diversification clonale (BCRseq) et développement des analyses single-cell RNAseq et des outils bioinformatiques associés. Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– biomarqueurs
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2017
Caractérisation du profil transcriptionnel de lymphomes T périphériques TFH et génération de modèles précliniques murins Etude du transcriptome des lymphomes T dérivés de cellules TFH (dont le prototype est le lymphome T angio-immunoblastique) au niveau de chaque cellule isolée, associée à une étude des modifications (notamment mutations) de la méthylation de l’ADN pour mieux comprendre les changements épigénétiques et d’expression génique induits par ces mutations. Méthodologie : exploration des liens entre la présence de mutations d’intérêt et les anomalies de la réparation de l’ADN et développement de souris PDX. Ce projet permettra d’offrir un rationnel à l’utilisation de nouvelles classes thérapeutiques, ciblant les anomalies de réparation de l’ADN dans ces lymphomes T au mauvais pronostic. Ces mutations pourraient également être des marqueurs prédictifs, théranostiques. Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– biomarqueurs
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2017
Développement d’outil diagnostics dans lymphomes de forme frontière (Grey zone : DLBCL – Hodgkin) Développement d’outil diagnostics dans lymphomes de forme frontière et de potentielles cibles thérapeutiques Académique Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2017
Caractérisation du phénotype, de la signature transcriptomique et de la fonctionnalité des cellules des compartiments myéloïde et lymphoïde T exerçant une activité immunomodulatrice dans l’environnement tumoral du lymphome de Hodgkin Etude du compartiment myéloïde au sein de l’environnement tumoral du Lymphome de Hodgkin (HD). Notamment, nous pourrons définir les sous-types de cellules augmentés dans le HD par rapport au contrôle ainsi que les mécanismes d’immunomodulation impliqués. A plus long terme, ce travail fournira un rationnel pour de futurs essais thérapeutiques dont le but sera de contrôler le recrutement et l’accumulation de ces cellules ou de bloquer leurs fonctions suppressives. La question posée dans ce projet est de caractériser extensivement le phénotype, la signature transcriptomique et la fonctionnalité des cellules des compartiments myéloïde et lymphoïde T exerçant une activité immunomodulatrice dans l’environnement tumoral du HD. Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2016
Tests in vitro d’un anticorps bi-spécifique  à la recherche d’une activité de type ADCP sur des cellules de lymphome folliculaire et de lymphome diffus à grandes cellules B Tests in vitro d’un anticorps bi-spécifique  à la recherche d’une activité de type ADCP (Phagocytose cellulaire dépendante des anticorps). Les expériences s’effectueront sur cellules primaires de lymphome folliculaire et cellules primaires issues de lympome diffus à grandes cellules B.Seront associés à ces cellules des monocytes activés fournis par le laboratoire ainsi que des macrophages issus de tumeurs fournis par le laboratoire.La phagocytose sera évalué par cytométrie et analyse au microscope à fluorescence. Industriel – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2016
Etude des microvésicules produites par les cellules tumorales de lymphome folliculaire Etude des microvésicules de lymphocytes B tumoraux et leur capacité à convertir les cellules stromales mesenchymateuse de la moelle osseuse en stroma lymphoïde. Ces résultats suggérant que les microvésicules de B de Lymphome Folliculaire (FL) contribuent à la mise en place d’une niche lymphoïde ectopique, soutien obligatoire à la diffusion du FL dans la moelle osseuse. Ceci laissant supposer une place thérapeutique du blocage de l’interaction microvésicules/stroma. Académique Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo 2016
Analyser par séquençage haut-débit des échantillons de patients atteints de lymphome folliculaire au diagnostic afin de caractériser les anomalies moléculaires de chaque tumeur et de déterminer la cinétique d’apparition au cours de la lymphomagenèse de la mutation MLL2/KMTD L’objectif du projet vise à évaluer comment la perte du gène MLL2/KMT2D, suppresseur de tumeur, contribue à la progression du lymphome folliculaire (LF). Méthodologie : caractérisation des anomalies moléculaires de chaque tumeur par séquençage haut débit;, analyse approfondies des cellules souches hématopoïétiques CD34+ chez les patients avec mutations de MLL2/KMT2D par une approche sensible de screen mutationnel sur cellules uniques triées par FACS utilisant la plateforme microfluidique Biomark HD et évaluation de l’impact clinique potentiel de la cinétique d’apparition des mutations de MLL2/KMT2D inconnue à ce jour Académique – Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo
– Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2015
Réalisation d’un typage  des cellules tumorales et tests in vitro impliquant différentes drogues innovantes sur des cellules de lymphome folliculaires et lymphomes diffus à grandes cellules B Cette étude a pour objectif d’apporter des éléments de réponse dans les cas de développement de mécanismes de résistance. Méthodologie : Typage par cytométrie de flux de façon simultanée les cellules tumorales afin de mettre en évidence des marqueurs liés à la réponse thérapeutique et/ou à l’évolution de la maladie, criblage de drogues innovantes afin d’identifier les voies biologiques activées dans les cellules tumorales, et ceci, de façon préférentielle chez les patients en rechute ou réfractaires et étude des gènes exprimés par les cellules tumorales afin de mettre en évidence les différentes voies activées et, notamment celles qui pourraient être liées au développement de résistances aux traitements. Méthodologie : typage des cellules tumorales Industriel – biomarqueurs
-Signaux pharmacodynamiques précoces d’activité
Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique
2015
Caractérisation du role d’une sous-population de cellules TCD8 dans la pathogenèse de lymphome de Hodgkin classique. Etudier le rôle de nouvelle sous-pouplation de cellules TCD8 identifiée dans la la pathogenèse de lymphome de Hodgkin classique et préciser le rôle de l’infection par le virus EBV dans l’ émergence de cette population. Méthodologie : expérience de co-culture in vitro. Industriel biomarqueurs 2014
Purification des FL-LCs « Follicula Lymphoma-Like Cells » afin d’établir leur implication dans la lymphomagénèse Déterminer l’implication de certains clones présentant la translocation chromosomique t(14;18)+ circulants, désormais appelés FL-LCs pour « Follicular Lymphoma-Like cells » dans la lymphomagénèse du lymphome folliculaire. Méthodologie : purification des FL-LCs. Industriel biomarqueurs 2014